Organisatiestructuur
Het Informatiehuis Water is een kleine, platte organisatie.
In het bestuur en de directie zijn alle drie samenwerkende organisaties vertegenwoordigd: Rijkswaterstaat, de waterschappen (vertegenwoordigd door de Unie van Waterschappen) en de provincies (vertegenwoordigd door het Interprovinciaal Overleg).

Organisatiestructuur
De diensten en producten van het Informatiehuis Water zijn ondergebracht in 4 activiteitenclusters:
- Team Aquo-standaard
- Coördinatie informatiestromen
- Team Informatiebeheer
- Projecten
Zij worden ondersteund door Programmabeheersing en ondersteuning, Communicatie en de Servicedesk.
Het programma wordt geleid door de programmamanager.

Het Waterschapshuis faciliteert de bedrijfsvoering van het programma Informatiehuis Water.